Związany z ruchem narodowym konsekwentnie kontestował rządy sanacji. Podczas II wojny światowej pozostawał czynny w strukturach emigracyjnych. Jeszcze 3 października 1939 roku w Paryżu, gdzie dotarł przez Rumunię, Jugosławię i Włochy został zaprzysiężony (jako reprezentant Stronnictwa Pracy) przez prezydenta RP Władysława Raczkiewicza na funkcję ministra bez teki w rządzie Sikorskiego. Tuż przed wybuchem wojny 30 sierpnia 1939 roku Józef Haller udał się z Torunia do Warszawy, by oddać się do dyspozycji Naczelnego Wodza, jednak odmówiono mu przydziału.
Pierwsza misja generała Hallera to podróż do USA i Kanady, gdzie spotykał się z Polonią i zabiegał o pomoc humanitarną dla ludności polskiej na terenach okupowanych przez Sowietów, natomiast w Kanadzie nie szczędził wysiłków na rzecz powstającej we Francji armii polskiej. 17 stycznia 1940 roku w Waszyngtonie generała Józefa Hallera przyjął prezydent Roosevelt. Podczas spotkania z sekretarzem stanu Cordellem Hullem Generał informował stronę amerykańską o sytuacji w okupowanym kraju i fali terroru, jakiej ludność doznaje ze strony obu okupantów.
W czasie trzeciej wizyty w USA Józef Haller odwiedził łącznie 58 miast, w tym najważniejsze skupiska polonijne (oprócz Nowego Jorku i Waszyngtonu): Baltimore, Chicago, Detroit, Kansas City, Milwaukee, Los Angeles, St. Luis, Minneapolis, Boston, New Haven, Providence i Filadelfię. W Kanadzie odbył spotkania w: Toronto, Ottawie i Montrealu. Nie sposób przecenić wagi misji informacyjnej generała Hallera, gdyż (jak usłyszał w rozmowie z amerykańskim prezydentem) społeczeństwo amerykańskie wiedziało wówczas więcej o Finlandii walczącej z sowiecką agresją, niż o okupowanej Polsce.
Po upadku Francji Hallerowie przez Lizbonę dotarli do szkockiego portu Gourock k. Glasgow. W zrekonstruowanym gabinecie Sikorskiego – Józef Haller objął Urząd Oświaty i Spraw Szkolnych, pozbawiony jednak rangi oddzielnego ministerstwa. Zasiadał także w Komitecie Politycznym Ministrów.
Do zasług generała z tamtego czasu zaliczyć należy organizację w Wielkiej Brytanii dwóch polskich szkół średnich – Liceum i Gimnazjum Męskiego im. J. Słowackiego w Dunalastair House w szkockim Perthshire oraz Gimnazjum i Liceum Żeńskiego im. Marii Skłodowskiej-Curie w Scone Palace koło Perth. Staraniem Józefa Hallera także dzieci polskie uczęszczające do szkół brytyjskich objęto nauczaniem religii, języka polskiego i historii. Z działaniem Generała związany był także powołany w 1942 roku fundusz stypendialny im. Ignacego Jana Paderewskiego.
Jak sam zainteresowany widział swoją misję? Podczas posiedzenia Rady Narodowej RP 1 kwietnia 1941 roku wypowiedział znamienne słowa: „Nie ukrywam, że głównym celem mego życia było i jest walczyć czynnie, orężnie o wolność Narodu i Niepodległość Ojczyzny oraz o prawa Polski, pełnowartościowe wśród Narodów Świata, tej Polski, która od zarania dziejów sprzęgła się z Chrześcijaństwem. Skoro nie jest mi dane walczyć, jak dawniej – niechże praca moja około wychowania młodzieży i przysposobienia jej do ofiarnej służby Ojczyźnie będzie tym moim skromnym wkładem”.
Po podpisaniu układu Sikorski-Majski – Józef Haller zgłaszał zastrzeżenia do braku wyraźnej deklaracji w przedmiocie nienaruszalności przedwojennej granicy z Polską. Ostatecznie jednak poparł jego podpisanie w obawie o wycofanie poparcia Wielkiej Brytanii dla rządu polskiego oraz w przekonaniu, że nie wolno dostarczać Sowietom pretekstu do tworzenia w Moskwie „samozwańczego komitetu narodowego” i wstrzymania zwolnień Polaków z łagrów i więzień.
Józef Haller był także człowiekiem głębokiej wiary. Czynnie uczestniczył w utworzonej z inicjatywy biskupa polowego Wojska Polskiego Józefa Gawliny sekcji polskiej The Sword of the Spirit – ogólnoświatowej organizacji katolickiej.
Po zamachu w Gibraltarze generał Haller nie wszedł do rządu Mikołajczyka, pozostając do dyspozycji Naczelnego Wodza. Sprzeciwił się także powrotowi do kraju i wejściu w skład Rządu Jedności Narodowej ze Stanisławem Mikołajczykiem jako wicepremierem.
Historia pokazała, że miał rację, a losy członków Stronnictwa Pracy, niekiedy dramatyczne, tylko to potwierdziły. Z imieniem generała Józefa Hallera nierozerwalnie wiąże się także symboliczny akt zaślubin Polski z morzem, dokonany przez wrzucenie do Bałtyku platynowego pierścienia – kolejno 10 i 11 lutego w Pucku i w Wielkiej Wsi (później Hallerowie), a dzisiaj Władysławowie.
Ozdobny formularz puckich zaślubin zaprojektowany przez artystę malarza Kazimierza Uziembło podpisali m.in. generał Józef Haller, admirał Kazimierz Porębski i późniejszy Prezydent RP Stanisław Wojciechowski. Komendę do podniesienia bandery podał 25-letni wówczas oficer marynarki Eugeniusz Pławski, który 23 lata później jako d-ca ORP „Piorun” stanie na Atlantyku w szranki z flagowym kolosem Kriegsmarine „Bismarckiem”.
W tym samym roku w Pucku – pierwszej bazie marynarki wojennej odrodzonej Rzeczypospolitej – białoczerwona załopotała na pokładzie ORP „Pomorzanin”, a w Gdańsku zwodowano cztery monitory rzeczne, które weszły w skład Flotylli Pińskiej, natomiast inż. Tadeusz Wenda wskazał wieś o nazwie Gdynia, jako miejsce budowy nowego polskiego portu.
Działalność społeczna generała broni Józefa Hallera – wybitnego dowódcy, patrioty i polityka obejmowała także kierowanie pracami Związku Harcerstwa Polskiego (od lipca 1920 roku do lutego 1923 roku) oraz Polskiego Czerwonego Krzyża, gdzie w latach 1920-1926 pełnił obowiązki prezesa Komitetu Głównego.
