Pilecki, wraz z innymi oskarżonymi stanął 3 marca 1948 r. przed Wojskowym Sądem rejonowym w Warszawie. Oskarżał mjr Czesław Lipiński, a składowi sędziowskiemu przewodniczył ppłk Jan Hryckowian (obaj dawni oficerowie AK), któremu towarzyszył kpt. Józef Brodecki. Skład orzekający – jeden sędzia i ławnik, naruszał ówcześnie obowiązujące prawo.
Zarzuty aktu oskarżenia obejmowały: nielegalne przekroczenie granicy, posługiwanie się fałszywymi dokumentami, nielegalne posiadanie broni palnej, prowadzenie działalności szpiegowskiej na rzecz 2 Korpusu i przygotowania do zamachu na wysokich dygnitarzy MBP. Podsądny odrzucił zarzut przygotowywania zamachu, a działania wywiadowcze uznał za działalność informacyjną na rzecz macierzystej formacji. Po błyskawicznym postępowaniu 15 marca zapadł wyrok skazujący na karę śmierci. Prezydent Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski. Zanim doszło do procesu, Witold Pilecki był poddany w więzieniu mokotowskim torturom.
Urodził się w Ołońcu 13 maja 1901 roku w dalekiej Karelii na Północy Rosji, gdzie rodzina – pieczętująca się herbem Leliwa – trafiła w ramach wywózek po Powstaniu Styczniowym. Od 1910 mieszkał i pobierał naukę w Wilnie, gdzie od 1914 działał w zakazanym przez zaborcę harcerstwie. W latach 1918 – 1921 służył w Wojsku Polskim, biorąc udział w wojnie polsko-bolszewickiej. Jako kawalerzysta uczestniczył m.in. w obronie Grodna. W sierpniu 1920 roku w składzie 211 Pułku Ułanów brał udział w Bitwie Warszawskiej. W 1921 roku wyzwalał Wilno, gdzie w tym samym roku złożył egzamin maturalny. Za udział w walkach (m.in. w Puszczy Rudnickiej) dwukrotnie odznaczony Krzyżem Walecznych.
Podczas kampanii wrześniowej – został zmobilizowany w sierpniu 1939 roku – uczestniczył w walkach 19 Dywizji Piechoty (Armia Prusy), dowodząc plutonem dywizyjnej kawalerii. Po zakończeniu kampanii przedostał się do Warszawy, gdzie współorganizował powołaną 9 listopada 1939 roku konspiracyjną Tajną Armię Polską, podporządkowaną następnie Związkowi Walki Zbrojnej.
19 września 1940 roku, podczas łapanki świadomie poddał się aresztowaniu, by zdobyć informacje na temat warunków panujących na terenie KL Auschwitz. Trafił tam z drugim transportem warszawskim jako Tomasz Serafiński. W obozie przystąpił do organizacji siatki konspiracyjnej, której uczestnikami byli m.in. znany rzeźbiarz Xawery Dunikowski i wybitny sportowiec Bronisław Czech. Przygotowane przez Pileckiego raporty trafiły do dowództwa AK w Warszawie, skąd przekazano je na Zachód.
W uznaniu zasług, w listopadzie 1941 roku gen. Stefan Rowecki awansował Witolda Pileckiego do stopnia porucznika. W nocy z 26 na 27 kwietnia 1943 Pilecki z dwoma współwięźniami zbiegł z obozu. Przeprawił się przez Wisłę – by po długim marszu wzdłuż rzeki Soły przez Alwernię (gdzie zostali nakarmieni przez miejscowego kapłana i otrzymali przewodnika), a następnie przez Tyniec, Puszczę Niepołomicką – trafić do Nowego Wiśnicza, Tam właśnie, prawdziwy Tomasz Serafiński skontaktował por. Pileckiego z dowództwem AK.
W latach 1943 – 1944 uczestniczył w konspiracji, w składzie Oddziału III Kedywu KG AK, gdzie sprawował szereg funkcji, w tym z-cy dowódcy Brygady Informacyjno-Wywiadowczej „Kameleon”. W Powstaniu Warszawskim dowodził jednym z oddziałów zgrupowania Chrobry II. Po okresie niewoli w latach 1944-1945 (Oflag VII A w Murnau) dołączył we Włoszech do składu osobowego 2 Korpusu Polskiego.
W październiku 1945 roku na osobisty rozkaz gen. Andersa wraca do kraju, by zorganizować siatkę wywiadowczą zbierającą informacje na temat sytuacji w kraju, w tym o żołnierzach 2 Korpusu i AK więzionych przez NKWD i deportowanych do Rosji. Prowadzone rozpoznanie obejmowało także MBP, MON i MSZ.
W czasach PRL wokół tej wybitnej postaci panowała zmowa milczenia. Miejsce jego spoczynku nadal pozostaje nieznane, a poszukiwania koncentrują się na tzw. Łączce – kwaterze „Ł” na Wojskowych Powązkach w Warszawie. W roku 1990 Naczelna Prokuratura Wojskowa w Warszawie podjęła rewizję procesu. Pierwotną rehabilitację zastąpiło unieważnienie wyroków w roku 1991. W 2002 IPN wniósł przeciwko oskarżycielowi Czesławowi Łapińskiemu akt oskarżenia, jednak proces przerwano w związku ze śmiercią oskarżonego w roku 2004.
Rotmistrz Witold Pilecki pośmiertnie został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (1995) i Orderem Orła Białego (2006), a w 2013 roku awansowany na stopień pułkownika. Dziś otaczany jest należną czcią i pamięcią, patronując wielu ulicom i szkołom na terenie kraju. W 2006 roku Scena Faktu Teatru Telewizji – wystawiła widowisko teatralne „Śmierć rotmistrza Pileckiego”, w reżyserii Ryszarda Bugajskiego, który na podstawie dokumentów zgromadzonych w IPN przygotował również scenariusz tej inscenizacji.
„Oświęcim to była igraszka – powiedział rotmistrz Witold Pilecki – igraszka w porównaniu z komunistycznym polskim więzieniem”. Wiedzę o tradycji rodzinnej i dorobku Rotmistrza, a także jego żony Marii kultywuje i upowszechnia w Polsce i świecie, utworzone staraniem miejscowego samorządu i Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego muzeum, zlokalizowane w zachowanym domu rodzinnym Marii Pileckiej z d. Ostrowskiej na terenie miasta Ostrów Mazowiecka.
Córka Witolda Pileckiego Zofia Pilecka-Obtułowicz w wywiadzie udzielonym Karolinie Wichowskiej mówiła: „Tata odczuwał przyrodę całym sobą… Przekonywał mnie też, że koń to wyjątkowe zwierzę, które ma duszę. Później zastanawiałam się, jak to możliwe, że z tą swoją ogromną wrażliwością zdołał przeżyć obóz w Auschwitz”. Jedna z zachowanych anegdot twierdzi, że serce swojej wybranki zdobył Witold Pilecki, wrzucając przez okno jej domu naręcza bzu z galopującego konia.
Warto o tym pamiętać, gdyż ten wyjątkowy żołnierz, patriota i bohater, był człowiekiem wielowymiarowym, obdarzonym licznymi talentami, który pragnął kochać i żyć, ale nie wahał się podjąć najtrudniejszych zadań w imię dobra Ojczyzny. Rekomendował nawet po ucieczce z obozu, zbrojne wyzwolenie KL Auschwitz. Jednak plan ten nie zyskał aprobaty przełożonych.
